自然流产除遗传、感染、黄体功能不全、人类染色体异常等因素外，子宫病变也是自然流产的主要原因。
子宫肌瘤：
子宫肌瘤主要是瘤体组织使子宫腔变形逐渐发生退行性变,子宫内膜表面发生溃疡，内膜和肌层血流量减少，不利孕卵着床和发育而导至流产。对渴望生育的年轻妇女，可采取子宫肌瘤剜除术，不作子宫切除，以保持生育能力。
子宫颈内口松弛：
患子宫颈内口松弛的孕妇，一般在妊娠中期发生流产。这是因为，随着胎儿逐渐长大、羊水逐渐增多，宫腔内压力不断增高，致使胎膜囊的宫颈口突出而引起胎膜破裂。子宫颈内口松驰与既往有宫颈撕裂损伤、多次人工流产、子宫峡部发育不良等因素有关。济南阳光女子医院专家指点在妊娠12~15周进行宫颈环扎术或在非妊娠期作宫颈修补术治疗都能收到较好的效果。
子宫畸形：
人类子宫是副中肾管发育衍变形的肌性器官，双侧管腔融合不全或融合后的纵隔未完全吸收均可导致先天性单角子宫、双角子宫、双子宫及子宫纵隔等各种子宫畸形。子宫纵隔占子宫畸形80%左右，为引起自然流产及早产Z常见子宫畸形。子宫纵隔造成流产主要是纵隔区缺血及子宫内膜发育不良，受精卵着床后供血不足而影响胎儿正常发育。近年来，宫腔镜诊治子宫纵隔有特殊价值，不仅容易确诊，而且在宫镜下可行纵隔切除，手术能显著降低流产率。
宫腔黏连：
在宫腔黏连的患者中，多数有子宫内膜损伤史，如多次人流、过度刮宫等。宫腔黏连引起流产的病理改变是宫腔缩小、变形，子宫内膜硬化及面积减少，影响胚胎发育。据统计，确诊宫腔黏连者，经手术分离、扩宫、服药综合治疗，流产率可由治疗期的67%降至26%。